منگنز در جوانه زنی گرده, رشد لوله گرده, طویل شدن سلول ریشه و مقاومت در برابر پاتوژن های ریشه نقش دارد. اولین اثر کمبود منگنز کاهش و یا توقف تولید کلروفیل می باشد در نتیجه برگ را مبتلا به کلروز کرده و در سطح برگ، بین رگبرگ ها لکه های زرد ناشی از کمبود مشاهده می شود و در نهایت برگ ها پژمرده شده و از بین می روند. این عنصر در گیاه غیر متحرک است و معمولا علائم کمبود در برگ های پایینی ظاهر می شود.